28 Şubat sürecinde ÇOMÜ'de Fen Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümü öğretim görevlisi olarak görev yapan Bünyamin Nami Tonka, 1998 yılında sınıfında başörtülü öğrencilerin bulunması sebebiyle birçok kez soruşturmadan geçti. 1998’de eğitim-öğretimin başladığı ilk hafta basın mensupları ÇOMÜ Rektörlüğü'ne hayırlı olsun ziyaretinde bulundu. Bir sınıftan da görüntü almak isteyen basın mensupları, Bünyamin Nami Tonka’nın dersine girerek çekimler yaptı. Görüntülerde birçok başörtülü kız öğrencinin görülmesi üzerine rektörlük tarafından Tonka hakkında arka arkaya soruşturmalar açıldı. Kısa süre sonra üniversite ile ilişiği kesilen Tonka, bir süre Manisa Celal Bayar Üniversitesi'nde görev yaptıktan sonra emekliye ayrılmak zorunda kaldı. O dönemde birçok profesörün ve kamu çalışanının görevlerine son verildiğini anlatan Tonka, “Bizim üniversitemizdeki rektörümüz de ilahiyat orijinli halk edebiyatçısıydı. O dönemin yapısında hem imam hatip mezunu yönetici istenmiyordu. Bu yüzden de rektörler birer birer ya görevden alındı ya da istifa ettirildi. Haklarında soruşturma açılacak diye tehditler edilen hocalar da vardı. Bizim rektörümüz de onun yerine o dönemin ruh dünyasına uygun olmak üzere bir rektör ataması yapıldı. Bu rektör ilk geldiği zaman akademik personelin birçoğunu tehdit ettiler. Rektör yardımcıları da bu tehditleri devam ettirdi. Bizim akademik kurulumuzda da bir rektör yardımcısı geldi ve bütün akademik personeli tehdit etmeye başladı. Ben buna isyan ettim. Bunların yanlış olduğunu söyledim. Üniversiteler hür düşüncenin kalesidir. Burada kişilerin başörtüsüne, eteğin boyuna, saçına, kılığına bakarak bilim yapılmayacağını dile getirdim” dedi. “Er ya da geç yargılanmaları gerekiyor” 28 Şubat’ın büyük bir garabet olduğunun altını çizen Tonka, “Bilime pranga vurulan bu dönemde FETÖ’cülerden kimse atılmamıştır. O dönemde daha çok milliyetçi, mukaddesatçı, dinine bağlı akademik personel tarumar edilmiştir. Bunu Amerikan talepleri doğrultusunda yapılmış bir uygulama olarak görüyorum. Yapanlara lanet okuyorum” dedi. 28 Şubat sürecinde bu zulümlere imza atan rektörlerin hepsinin yargılanmadığını söyleyen Tonka, bazılarının da adlarının kampüslere verildiğini, bu durumun kendilerini incittiğini söyledi.